Juan Bautista aparece para los cristianos como el último profeta del Antiguo Testamento, luego de 300 años sin profetas. El anterior habría sido el profeta Malaquías, cuyo significado es simplemente “mensajero”. Pero Juan Bautista tiene sus singularidades. Mientras otros profetas enfatizan la responsabilidad de los judíos por ser descendencia de Abrahán, el Bautista hace nugatoria tal pertenencia: «No os hagáis ilusiones diciendo en vuestro interior: ¡Tenemos por padre a Abraham! Porque os aseguro que poderoso es Dios para sacar de estas piedras hijos de Abraham» (Mt 3:9). Según el sentir popular, los méritos de Abrahán garantizaban a Israel el tomar parte en el reino de Dios. Con el cristianismo el enfoque sufre un revés, pues el reinado de Dios es una construcción entre Dios y el hombre, los dos necesarios. En las cartas de Pablo tampoco cuenta el ser descendencia de Abrahán pues tanto judíos como cristianos son salvos por gracia. Solamente quien ya desde ahora se orienta hacia el reinado de los cielos, que ha de venir, y ordena su vida según sus exigencias; quien da frutos de verdadera conversión puede abrigar esperanzas de entrar en él. El Bautista limitaba su conversión a escapar del juicio inminente; Jesús, en cambio, a diferencia del Bautista y otros profetas, invita a la conversión porque la salvación esperada (escatológica) está ya presente en él. Tal reinado se manifiesta en que «los ciegos ven, los cojos andan, los leprosos quedan limpios, los sordos oyen, los muertos resucitan y se anuncia el Evangelio a los pobres». El Bautista esperaba una manifestación de Yahvéh como juicio, que podía encajar en las muchas expectativas sobre el Mesías. Para identificar tal manifestación con Jesús tenía aún sus dudas y por ello manda a sus discípulos a preguntarle. Aunque los judíos practicaban abluciones (lavados) rituales, la características del bautismo de Juan es que es realizado por otro, no por sí mismo; es recibido no auto aplicado. Como la conversión, el bautismo es personal y colectivo; se entra a una comunidad. Pablo redefine el bautismo cristiano como ser sumergido en la pasión y muerte de Jesús para ser como él resucitado. El prosélito no era bautizado por rabino ni sacerdote alguno sino que tomaba el baño de purificación por sí mismo. Pero Jesús hace a sus seguidores algunas exigencias similares a las que hacía el Bautista. Exige de los bautizados frutos buenos de conversión. «Venían al bautismo (de Juan) muchos fariseos y saduceos, les dijo: Raza de víboras, ¿quién os ha enseñado a huir del inminente castigo? ¡A ver si dais frutos propios de conversión!» (Mt 3:7-8). Jesús exalta el espíritu de Elías pero no lo confunde con el personaje del Bautista: «Y si queréis aceptarlo, éste es Elías, el que tenía que venir. El que tenga oídos, que oiga» (Mt 11:14). Comparar al Bautista con Elías (el profeta más querido por los judíos) era un honor dentro del judaísmo.
Sin embargo, aunque el Bautista es exaltado como el más grande nacido de mujer, a la vez se le califica como el más pequeño en el reinado de los cielos. El reinado de los cielos tiene una escala de valoración diferente a la de este mundo. Ante Dios lo que vale es la renuncia a la ansiada grandeza humana. Pero la expresión misma de la salvación es diferente en ambos. El Bautista muestra una línea más ascética que Jesús pues el primero ayuna y hace penitencia y el segundo come y bebe con pecadores y publicanos. El primero no puede dejar de tener un tono pesimista mientras que en Jesús hay un tono optimista a pesar de todo. La conversión no es para escapar del juicio (sentido negativo) sino para entrar en el reinado (sentido positivo). Jesús se designa a sí mismo como luz: «Yo soy la luz del mundo (Jn 8:12) mientras que el Bautista es testigo de la luz y una lámpara encendida; Jesús es el novio y el Bautista es el “amigo del novio” (paraninfo). Jesús se desposa con la humanidad mientras el Bautista aún piensa en el desposorio con Israel. Entre los contrastes entre los dos personajes está que Herodes Antipas no se atreve a meterse con el Bautista por temor a la gente mientras en el caso de Jesús es la gente misma la que azuza para que sea condenado. En el primero el asesino tanto como el proceso parece más identificado y determinado, en el segundo el asesino es más colectivo y las causas más indeterminadas. La muerte de Jesús presentará unas características únicas en toda la Biblia y por supuesto en la historia de la humanidad. Esto ha permitido que se siga re-interpretando hasta el día de hoy. La muerte de Jesús se ha comparado con la muerte del justo, del héroe, del mártir, del siervo sufriente, pero ninguna logra abarcar todos los relatos y sus diferentes dimensiones. Por ejemplo en los sinópticos la muerte de Jesús parece fruto de varias injusticias pero en Juan es Jesús quien se entrega. «Por eso me ama el Padre, porque doy mi vida, para recobrarla de nuevo. Nadie me la quita; yo la doy voluntariamente» (Jn 10:17-18). En algunos momentos también se nos dice que la gente teme echar mano a Jesús pero su prendimiento tiene varias versiones en los evangelios. Para algunos comentaristas Jesús pudo ser discípulo del Bautista en sus comienzos y tendría entonces razones para alabarlo. Pero Jesús abandona a Juan y el Jordán e inicia su vida pública buscando a los pecadores, no esperándo que lo busquen. De los discípulos del Bautista se nos dice que estaban junto a él cuando fue encarcelado y que más tarde dieron sepultura a su cadáver. Tenían una forma de orar propia bien determinada; ayunaban y tenían discusiones con los judíos. Nos dice Juan que los primeros dos discípulos de Jesús (Andrés y Pedro) procedían del círculo de los seguidores del Bautista. Sin embargo Jesús tiene un número más amplio de discípulos que el Bautista y varios discípulos de éste siguen a Jesús. El Bautista, sin embargo, aceptó su papel secundario y cuando se quejan los suyos les responde acertadamente: «El tiene que crecer y yo tengo que disminuir» (Jn 3:30). Pero tenemos que reconocer, basados en todos los textos concernientes que las relaciones entre el Bautista y Jesús son variadas y a menudo poco claras en los evangelios, especialmente los sinópticos. En Juan el Bautista aparece como un discípulo de Jesús y quien le consigue discípulos, como promotor vocacional. El estilo mesiánico de Jesús, que proclamaba el evangelio del reinado a los pobres, debió representar una desilusión para el Bautista y sus discípulos, que aguardaban a un mesías en el contexto de una reforma apocalíptica inserta en el marco de las instituciones judías. El proyecto mesiánico de Jesús, que habría de concluir con su muerte en Jerusalén, fue causa de desconcierto y de perplejidad para el Bautista y sus discípulos. Después de la muerte del Bautista, Jesús fue considerado como un Bautista vuelto a la vida, ya que parecía continuar su obra. Tras la muerte de Jesús, los seguidores del Bautista, que consideraban a su maestro como el mesías, se opusieron a los discípulos de Jesús, que consideraban al resucitado como el que había sido anunciado por el Precursor. El Bautista se inspira en el mensaje de los profetas, sobre todo Elías, Jeremías y Ezequiel, quienes ven en el anuncio del juicio la motivación necesaria para la conversión efectiva y librarse del fuego. Se basan en el temor y su religión no es tan cercana al amor, como la de Jesús. Los rasgos del Bautista serían: conciencia del juicio inminente; el retorno a la predicación moral profética; la apertura universalista al mesianismo, diferente a David, el segundo Isaías, Daniel o los esenios. También hay algunas discordancias con Jesús en el carácter espiritual y ético de la conversión predicada por el Bautista. En el caso de Jesús, dicha conversión pasaba siempre por la misericordia, el compartir, el sanar, el enseñar a los demás. Si en el judaísmo toda la alabanza es para Yahvéh, en el cristianismo es a través de Jesús; los demás, por importantes que sean, son personajes de reparto.